Hallo nochmal!
Ich versuche gerade, die Expression des Drosophilagens wurst nachzuvollziehen. Ich wollte mit Tools im Internet nach Promotersequenzen suchen, aber das hat irgendwie garnicht funktioniert 
Dann wollte ich wenigstens die TATA-Box finden und hab mit meinem eigenen Gehirn hingeschaut. Das einzige, was ich bei -94bp gefunden habe ist „TATACAA“. Könnte das meine TATA-Box sein?
Wen einer ne tolle Suchmöglichkeit für sowas kennt, wäre es nett, sie mir zu nennen.
Vielen Dank, Stefan
Ich habe mal angegeben im FASTA-Format 10kb upstreamsequenz und die Sequenz des Primärtranskrips:
>wurst 10kb up von +1 (sense und in 5’3’)X:16844859,16834860
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caataaaaatatttcatttttaaatgggttcttttggttatagattaaattatttggatt
attggatttgattttatatgtgtgtattttaatacaataactataactgatgtttatata
cttgcattatattttatacattttacatttgccatacatcgtttgtgaactaaagagtat
tgtagatatacaacgtactaaaatttagatccatggtattttggcctgtccctgcacttg
gtcacacctagcttaagccgagcaaaaagttcggattttt
>Gentranskript Wurst loc=X:complement(16832530…16834859)
ATTCAATTTTTTAATCCAGCCCGCAAAACAACAAATTCGTATTGTTTCAA
ATTGTTTCAATTGCAATTTTAGTGAAACATAGCAACAACCAGTTCAAATT
GAACGCATCAGTGCACTTGGTTTTCTTTTTTTTTTTTGTTTTTGTGGATC
AGTTTGTCGTTTTTGTTCTTGTTGTCGCTGCGTGCGTAGAATTTGTGAAA
AGAGAAAGTTCTGCGCCGCGTCTTTCTCCGCCTCTCTTTCTCCAATTCTT
CGCACAGTCGTGGCCAAGAAGTTGCGCCTGCGCAGCGACAATTTCACAAG
AAATCGAGGTCGATCGCAAGTGGGTAAGTATCTTTCACGGAAAGTGGCCC
AAAAAGTGATGTTTAAAGACTGGAACTAAAATAATAACAATAAATTAATT
ATATATCCTCGAAACTCTTTGCTGTATGTAGTCTTCATAAGAGTTTTCTT
TATAGGCCACCGTTCTTTATTCGTTGATTTAAAATACGTAAAGCTTATCT
TCAATCAGTTAAATGTGCTACATCAAATCGTGTTACTTTACTTAAAATAT
TCATATATATTTTAATATATTGTTATGTGTTGTATATTAGATATGCTTGT
TATGTTATTGCTCAGCGTGCCACTATTTCAACATATATTACGCTAATATA
TTAAGCTAATTAATTATTTCATAATTGCAATTTTTTGAATAATCGTTAAT
GTTGTACTACCAATATACATATGTTTATTATGTTATGTTGTTTTTTAAAA
GTTGTCCTCTTTCCATAATATTGTTAGTAAAACTACTTCCGAATTATTCC
GTTTATCATAACAATTTTGCCCCCTTCCCTTGCAGTAATCCGATTGGAAC
ACCATGGGCACCACGCAGACAGTATCTCCAGTGGCTGGAAAGGATAAGAC
CAACGATACCTCCAAAGGATCTCCCTCGAAGGCTAAGTCCAATGGCCACG
CGCAAGGCAAGACCAAAAGCAAGGAGATGAACGCTCTGCCGCCCCAGAAA
TCGGTGGTCATTGCCTATCTATGCTGGCTTTTCGGCGGAATCTTCGGCCT
GCATCATCTGTACTTGCACCGTGACCGCCACGCCTTCATTTGGTGGTGCA
CCCTGGGTGGCTACATGGGCATTGGCTGGATGGGCGAGCTCTTCCTGATA
CCCGAATATGTACGGGATGCCAACGAGGATCCCAAGTTCGTCAAGATGTT
CGTGGCCAAGCTGCAGGCGTATCCGAAACCGCCGTACTCCTCGAAGAGAT
TCGTGGGCCAGGTGATGATCGGCCATCTGTTCGGCCAGGTGTGCTCCATG
GCCATTCCGGAGACCCTGGTCGGTGGCTGGGATCTGAGCTTCCTACACTG
GACGATTCCGCTGTTTGTTTCGCTGGGCGTTTGGCTGGTGGGCAACATTG
GCCGGGAGCAGGGTGTATGGTGGCACTGCCTGGTGGCCGCCTATCTGGCG
TATCCGGCCAGGTATTTGATATATGACGAGACCTACTCCCTGCTGCTCAC
TGGTCTCGTGGCGGCACTGACCTTCGACGGCTTGTCCAAGCAGTGGCGCA
GGACTCCGCCGCGCAGGGGAAGCCCCGGTGAAAGGACCTTTAAGCTAACC
ACCGCCGTGATCATCTACTGCGCCTTCTGGGGCAGCTTCCTGTATTTCAA
CGGCACCATTTCGGACGAGGACGGCGGCGAGGTGCCCATTCACGAGGCCA
TCCATAACTTCTTGGCCTCCGCCTGGTGGACAGATCTGAAGCAAGCCCTG
CTGGACACCTATAACTATGCGCAGCATCACGGCTGGTACGAGACCTGGAA
GGAGGTGTTCGAAAGCATGGATGTGGATGGCGAACGAAATTCGTACAAGG
TCTTGGGCGTAAGTGCCACCGCTTCGCAGGCAGAGATCACCGCTGCGTAC
AGGAAGCTCTCCAAGGAGTACCATCCCGACAAGGTCAAGGACGAGGGCTT
GCGGGCCCAGGCCCACCAGCGCTTTATCGAAATCCAGCAGGCGTACAGTG
TGCTCAGCAAGATCAAGTCCAACCGGCGGCGCAAGAACAAACAGTACCAG
GAGGAGGAGGCCATCGTCCTTTGAGCGGCGCTTTCCTCCATCTAGTCTAA
GTATTTATAACGACTAGGAAGTAAGATTCTTTAAATGCGATTACTTACTT
AAAGCAATAGTACCTAAATGCTGCTATAGCACATATTGCGAATTCTCTAA
ATGTTATTCATATTAATTACCTAATGGTGTTTTTAGCTGTATCTGTTTCC
ACATGTATTTATTACCATAAATCTGCGTTGTTTATTGTCAAGACTGTGTT
TAAAAATATTAAAGCACCCCAAAATTCATT