Hallo Daola,
mit großer Sicherheit kann man annehmen, dass die Schweden mit ihrer Marine nicht die Flüsse (Rhein) aufwärts gesegelt sind und auch nicht die Schiffe über Land gezogen haben 
Das wäre vielleicht zu der Zeit technisch möglich gewesen, aber im Krieg zu aufwändig.
Wenn hier von „Flotte“ gesprochen wird, dann sind mit großer Wahrscheinlichkeit Boote, vielleicht auch kleinere Schiffe gemeint, die man vor Ort gebaut hatte.
Bei Belagerungen war das durchaus üblich, dass die Kriegsherren das notwendige Gerät für die Erstürmung erst vor Ort bauten.
Zeit hatten sie meistens genug. Holz war auch reichlich vorhanden, Bäume wurde einfach gefällt und Boote draus gebaut.
Das man nun sagt „Schwedische Flotte“, rührt aus der direkten Übertragung vom Frühneuhochdeutschen her.
Die Chronisten kannten kein anderes Wort und sagten eben Flotte zu dem was da auf ihre Stadt zu paddelte oder segelte, vor allem wenn es eine ungewöhnlich große Anzahl gleichzeitig war.
Da spielte es keine Rolle ob man das Wort Flotte nur für Meeres oder auch für Binnenschiffe gebrauchte.
Heute würden wir vielleicht sogar auch noch so ähnlich schreiben, aber noch näher erläutern um welche Bootstypen es sich handelte.
So könnte der Satz im modernen Deutsch wie folg lauten:
„Spezialeinheiten der schwedische Armee attakierte Konstanz mit einer regelrechten FLOTTE aus Schnell- und Sturmbooten“.
http://de.wikipedia.org/wiki/Datei:smiley:e_Merian_Sueviae…