Zunächst würde ich gerne die Gegenfrage stellen: Wieso nicht?
Japan ist ein Land in dem nicht erst seit kurzer Zeit mit Erdbeben zu rechnen ist. Die Japaner haben ein gutes Fachwissen und auch weitreichende Erfahrungen im Bausektor hinsichtlich Erdbebenstabilität von Gebäuden im Laufe der Zeit sammeln können.
Ich vermute das Ihre Frage darauf zielt, dass die Einsturzwahrscheinlichkeit von der Höhe des Gebäudes abhängt. Dieser Umstand ist aber eher als nachrangig einzustufen, denn auch kleinere Gebäude sind durch ihre geringe Höhe keineswegs vor Einsturz gefährdet (Siehe das letzte große Beben in der Mitte der Türkei).
Vielmehr als die Höhe sind bauliche Maßnahmen der maßgebliche Faktor.
Neue flexible Gebäudekonstruktionen welche in der Lage sind Schwingungen nachzugeben und abzufedern, sind wesentlich schwieriger durch Beben zum Einsturz zu bringen.
Wenn ein hohes Gebäude allerdings einstürzt, ist das Schadaufkommen natürlich signifikant höher als bei kleinen Gebäuden. Bei einem Erdbeben der Stufe 9+ in solchen Ballungsgebieten ist macht es aber fast schon keinen Unterschied mehr ob ein Wolkenkratzer mehr zerstört wird oder ob ein Gebäude weniger gebaut wurde. Zerstört wird dann sowieso alles (von menschlichen Leid sei hier einmal abgesehn, da nach nach Gebäudeerrichtung gefragt wurde).
In Ballungsgebieten wie Tokyo oder auch Los Angeles sind hohe Gebäude oft auch alternativlos da die zur Verfügung stehende Baufläche sehr begrenzt ist, und die Städte nunmal dort historisch entstanden sind.
Insofern möchte ich Ihre Frage mit Ja beantworten, da die Vorteile die möglichen Nachteile überwiegen und es an echten Alternativen mangelt. Die neueren Ideen, Wolkenkratzer in den Boden zu bauen, sind ja auch noch weit davon entfernt ausgereift zu sein.
Beste Grüße