Hallo Nitrolymp,
zu Punkt 1: wenn es sich bei der geplanten Firmengründung um ein so kleines Unternehmen handelt, dass eine Umsatzsteuerbefreiung möglich ist, ist keine großartige Buchführung notwendig. Normalerweise reicht dann eine ganz einfache Einnahmen- und Überschußrechnung, die ich persönlich mit Excel machen würde.
Wenn es denn unbedingt ein vom FA zugelassenes Fibu-Programm sein soll empfehle ich Lexware. Das gibt es für die unterschiedlichsten Ansprüche, auch für Kleinstunternehmer. Es kostet, soweit ich es in Erinnerung habe, unter 200 Euro.
zu Punkt 2: Auf keinen Fall den Verkaufspreis als Wert ansetzen, dann wäre schließlich kein Gewinn möglich 
Um späteren Ärger mit fachlich unwissenden FA-Mitarbeitern vorzubeugen würde ich mind. eine schriftliche Bewertung des eingebrachten Materials einholen. Möglicherweise kann man auch auf den Teilemärkten jemanden finden, der kompetent und freundlich ist und eine Begutachtung zum Freudschaftspreis durchführt. Oder ist die Sammlung evtl. durch eine Versicherung (z.B. Diebstahl) schon mal eingeschätzt worden?
zu Punkt 3 kann ich leider keine Empfehlung abgeben, sorry. Wenn man sich den teuren Steuerberater sparen will kann man mit gezielten Fragen auch zum FA gehen. Der zuständige Mitarbeiter wird wahrscheinlich nicht auf Anhieb alle Fragen beantworten können, aber ich habe die Erfahrung gemacht, dass sie sich bei freundlichem Nachfragen dann die entsprechenden Dinge heraussuchen und anlesen und einem kleinen Unternehmer somit weiterhelfen.
Nun wünsche ich viel Erfolg und vor allem Durchhaltevermögen für den geplanten Shop!
Gruß
Annette