Tool gesucht zum Bestimmen der Gen-Position auf Chromosomen

Wissenschaft Biologie
#1

Liebe/-r Experte/-in,

ich hoffe ich bin hier richtig und du kannst mir helfen.
Ich bin selber Biotechnologe und kenne mich in der Bioinformatik nur bedingt, bis kaum aus.

Mein Problem:
Ich habe nach einem Gen Array von insgesamt 20.000 Genen viele Gene, die verschiedenen reguliert sind. (im Excel File) Soweit so gut. Nun möchte ich aber gerne wissen, auf welchen Chromosomen sich die Gene jeweils befinden und natürlich nicht einzeln, umständlich nachschauen müssen.

Ich habe in der Datei die Namen/symbols und die Accession numbers (wie NM_000358 for TGFBI bspw.) und würde gerne so einfach wie möglich eine Übersicht erhalten, so-und-so-viele der Gene befinden sich auf Chromosom 1, so-und-so-viele der Gene auf Chr. 2 …etc.

Weist du ein Tool, ein kostenloses Programm/Software oder Website, wo ich das bewerkstelligen kann?

Auch ein Tipp, an wen ich mich wenden sollte, wäre schon hilfreich.

Vielen Dank für die Mühe und auch ein „Nein, ist nicht meine Richtung“ als Antwort, wären super.

Danke im voraus,
Björn

#2

Hallo Björn,

es tut mir unendlich Leid, dass ich dir jetzt erst antworte. Deine Nachricht muss vor 3 Wochen schlichtweg an mir vorbeigegangen sein und erst jetzt ist sie mir wieder aufgefallen. Wahrscheinlich ist es mittlerweile schon zu spät, aber falls nicht, könnte ich dir vielleicht zumindest einen Ansprechpartner vermitteln. (Ich selbst bin nämlich mehr in der strukturellen Bioinformatik als in der Genominformatik zu Hause.) Unter folgendem Link findest du die Mitarbeiter der Genominformatik des ZBHs (Zentrum für Bioinformatik Hamburg). Vielleicht weiß von denen jemand Rat:

http://www.zbh.uni-hamburg.de/research/GI/staff.php

Ich wünsche dir viel Erfolg und bitte nochmals um Entschuldigung dafür, dass ich dir erst so spät geantwortet habe!

Viele Grüße
von einem anderen Björn aus Hamburg :wink:

#3

Hallo Björn :smile:

vielen Dank für deine Antwort, da es sich zum Glück um ein nebenherlaufendes Projekt handelt, ist die Frage noch aktuell und ich habe mich soeben an jemanden aus dem ZBH gewandt und hoffe da auf Informationen.

Danke nochmals für die Mühe,

Beste Grüße aus Berlin,
der andere Björn

#4

hallo, habe deine anfrage erst jetzt gesehen. hast du dein problem gelöst oder soll ich dir noch antworten? sorry, vermutlich war mein postfach überfüllt! mfg, jeannette