Hallo Sarah,
kann der Erreger, wenn er in den Zysten (oder unter dem
Schleim) versteckt ist, noch den Organismus beeinflussen?
Klar da brechen immer wieder welche aus und lösen eine neue Infektion aus.
Genau das ist das Problem mit Implantaten, wie Schrauben, Platten, Gelenke, Herzklappen usw.
Wenn sich da erst einmal Erreger festgesetzt haben, bekommt man diese meist nur durch Entfernen der Implantat wieder weg. Andernfalls hat man eine chronische Infektion, welche niht n den Griff zu bekommen ist!
Gibt es vielleicht eine Möglichkeit, versteckte Erreger
aufzuspüren, bzw. zu entfernen?
Entfernen geht meistens nicht!
Wie bekannt, lässt sich HIV nicht heilen, man kann das Virus nur daran hindern sich auszubreiten, aber die „Nester“ kann man nicht ausrotten.
Herpes (Herpes simplex, Lippenbläschen) ist auch so ein Fall, das behält man ein Leben lang und es kommt immer wieder mal zu einem Ausbruch.
Das Entfernen ist immer so eine Sache, es solle nur der Erreger geschädigt werden und nicht auch der Wirt 
Aufspüren ist auch nicht immer einfach, wen sich der Errege nicht im Blut nachweisen lässt, dann ist die Krankheit aber meist akut, braucht man infizierte Proben des Verstecks!
Je nachdem lässt sich der Erreger dann mit dem Mikroskop nachweisen oder man macht eine DNA-Analyse ganzer Zellen, wobei man dann die normalen menschlichen Gene aussortiert, der Rest muss dann Erreger-DNA sein, bzw. man such gezielt nach DNA, welche nur im Erreger vorhanden ist. Im letzteren Fall besteht dann aber die Gefahr, dass Mutationen durch die Lappen gehen.
Da ganze sind halt Mechanismen, welche sich über ein paar 100 Mio. Jahre eingespielt haben.
MfG Peter(TOO)