Multiple Allele bedeutet, dass es mehr als 2 Ausprägungen geben kann, man nennt das auch Polymorphismus. Das bezieht sich aber immer auf die ganze Population, nicht auf einzelnes Individuum, weil der Einzelne ein Gen nur zweimal hat (doppelter Chromosomensatz) und deshalb in seiner DNA nur maximal 2 verschiedene Ausprägungen haben kann, bspw. A und B, während ein anderes Individuum vielleicht A und C hat.
Polyphänie ist was ganz anderes, also völlig unabhängig davon. Polyphänie bedeutet einfach, dass ein einzelnes Gen nicht nur eine einzige Auswirkung hat, sondern mehrere (phänotypische) Auswirkungen. Das ist häufig bei Erbkrankheiten der Fall, eine einzige Mutation auf einem einzigen Gen hat mehrere verschiedene Folgen.
Multiple Allele sind also mehrere verschiedene Ausprägungen eines Gens, das Gen gibt es also in verschiedenen Versionen, stark vereinfacht bspw. Augenfarbe blau, grün und braun (stimmt nicht ganz, nur zur Veranschaulichung).
Polyphänie heisst, das ein Gen (oder eine Mutation auf nur einem Gen) mehrere Auswirkungen. Bspw. Albinismus, ein einziges (mutiertes) Gen führt zu Veränderung der Hautfarbe, Haarfarbe und der Augen.