Vermutlich werden Enzyme, die vom Körper für die Arbeit in
einem solch feindlichen Milieu gebildet werden, sicher eine
hoch optimierte, sehr stabile Tertiärstruktur besitzen.
Genau. Also im Prinzip das, was ich gesagt hab, nur präzisiert. Kein Enzym ist ewig haltbar, auch die anderen Enzyme des Körpers müssen mal erneuert werden. Manche früher, manche später.
Aber zu 100% wird das nicht
funktionieren, auch ein Teil der Verdauungsenzyme wird ganz
sicher immer vom Körper selbst verdaut werden und der Körper
muss dann eben ständig entsprechende Mengen neuer
Verdauungsenzyme nachbilden (muss er ja sowieso, da die Enzyme
mit dem Rest des Mageninhalts auf Wanderschaft gehen…).
Ich denke, dass man den Faktor der Selbstzersetzung vernachlässigen kann. Schließlich ist ein einzelnes Enzym in der Lage, zig Proteine zu zerstören. Man braucht nur wenig Enzym = geringe Chance, dass sie sich gegenseitig kaputtmachen.
Mal davon abgesehen, dass es sich um einen katalytischen Prozess handelt - die Eiweiße zersetzen sich sowieso irgendwann, es wird nur durch die Enzyme beschleunigt.
Ich bin zwar kein Biologe und kenne mich nicht im Detail mit
der Verdauung aus, aber ich biete diese Überlegung mal als
Arbeitshypothese an. 
Ich denke das ganze ist in dem Falle eher organische Chemie bzw. Biochemie. Das hat viel mit Reaktionszeiten usw. zu tun.
Letztendlich kann ich aber auch nur spekulieren, ich kenn diese Enzyme nicht im Detail…
Grüße
Karana