Hi Leute ich brauch mal ein paar Ideen von euch 
ich sitze grade an einem Problem… wir untersuchen Mutationen bei einer Krankheit. Was man weiss ist, dass alle Patienten die Mutation homozygot haben. Das Verhältnis von MutationsDNA zu Wildtyp DNA ist also wie erwartet auf DNA Ebene 50:50. Jetzt haben wir aber festgestellt, dass dieses Verhältnis auf RNA Ebene verschoben ist (60:40) und ich bin grad am überlegen wie das sein kann… das heisst ja, es muss irgendwas bei der Transkription falsch laufen oder? Ich hatte an epigenetische Faktoren wir Methylierung gedacht. Die Mutation liegt aber mitten im Gen und mitten im 20. Exon. Soweit ich weiss, sind doch hauptsächlich Promotorregionen methyliert oder?? Kann das auch Einfluss auf die Transkription haben wenn die Mutation nicht in Promotornähe liegt? Ansonsten hab ich noch überlegt, dass die Mutation vielleicht Transkriptionsfaktorbindestellen beeinflusst und so die Transkription stört… kennt einer ein programm, was einem sagt wo die Bindestellen liegen und ob sie betroffen sind??
Hat einer vielleicht noch ne ganz andere Idee woran das liegen könnte?? ich bin für jeden tipp dankbar…
Hallo,
Was man weiss ist, dass alle Patienten die Mutation
homozygot haben. Das Verhältnis von MutationsDNA zu Wildtyp
DNA ist also wie erwartet auf DNA Ebene 50:50.
Wenn die Patienten homozygot für die Mutation sind, würde ich nicht erwarten WT DNA zu finden.
Jetzt haben wir
aber festgestellt, dass dieses Verhältnis auf RNA Ebene
verschoben ist (60:40) und ich bin grad am überlegen wie das
sein kann… das heisst ja, es muss irgendwas bei der
Transkription falsch laufen oder? Ich hatte an epigenetische
Faktoren wir Methylierung gedacht. Die Mutation liegt aber
mitten im Gen und mitten im 20. Exon. Soweit ich weiss, sind
doch hauptsächlich Promotorregionen methyliert oder??
Also meines Wissens nach gibt es durchaus Beispiele für Methylierungen innerhalb von Exons, die Einfluss auf die Transkriptionsrate haben.
Hat einer vielleicht noch ne ganz andere Idee woran das liegen
könnte?? ich bin für jeden tipp dankbar…
Leider hast du nicht geschrieben, um welche Art Mutation es sich in deinem Fall handelt. Darum mal ins Blaue getippt: Es gibt, wenn auch nicht unbedingt viele, Beispiele für exonische Enhancer.
Neben einer Beeinflussung der Transkriptionsregulation ist auch denkbar, dass eine Mutation Einfluss auf die Turnover rate hat.
Viele Grüße
Paramecium
Hallo!
Hi Leute ich brauch mal ein paar Ideen von euch
grade an einem Problem… wir untersuchen Mutationen bei einer
Krankheit. Was man weiss ist, dass alle Patienten die Mutation
homozygot haben. Das Verhältnis von MutationsDNA zu Wildtyp
DNA ist also wie erwartet auf DNA Ebene 50:50.
Du meinst: „heterozygot“. Stimmt’s?
Jetzt haben wir
aber festgestellt, dass dieses Verhältnis auf RNA Ebene
verschoben ist (60:40) und ich bin grad am überlegen wie das
sein kann… das heisst ja, es muss irgendwas bei der
Transkription falsch laufen oder?
Muss nicht sein. Es könnte auch sein, dass die WT-RNA einfach kurzlebiger ist.
Hat einer vielleicht noch ne ganz andere Idee woran das liegen
könnte?? ich bin für jeden tipp dankbar…
Handelt es sich bei der Mutation um eine missense-Mutation oder reißt die Transkription ab (weil eine Terminatorsequenz entsteht)? Wenn letzteres der Fall ist, ist der Grund trivial: Die Transkripiton dauert nicht so lang. Deswegen können mehr Moleküle pro Minute transkribiert werden.
Nur so zwei Ideen, ins Blaue hinein geraten. Vielleicht fängst Du ja etwas damit an.
Michael
ach klar ich dussel, heterozygot meine ich… die Mutation ist einfach nur ein Basenaustausch… keine missense oder nonsense geschichte…
woran könnte es denn liegen, dass die WT RNA kurzlebiger bzw die Mut RNA langlebiger ist?? kann die Mutation das beeinflussen?
Darf ich fragen, mit welcher Methode ihr das beobachtete 60:40 Verhältnis gemessen habt?
Viele Grüße
Paramecium
RNA-Isolierung, umschreiben in cDNA, Restriktionsverdau und dann bandenintensität mit Total Lab gemessen und per excell ausgerechnet
Hi,
ich kenne das Programm nicht und weiß auch nicht wie etabliert eure Meßmethode ist, darum frage ich mal ganz naiv:
Wie deutlich unterscheiden sich denn ungeschnittene und geschnittene Variante?
Habt ihr berücksichtigt, dass kleinere Fragmente im Gel automatisch schwächere Signale liefern?
Ist nur so eine Idee aber vermutlich berücksichtigt das Programm das sowieso?
Viele Grüße
Paramecium
Hallo Anika,
und wie viele Messungen liegen diesem „60:40“ zugrunde? Nur eine? Mehrere? Standardabweichung? Werte signifikant voneinander unterschieden?
Wenn dann bräuchte man für so eine Aussage schon einen echt quantitativen Ansatz.
Viele Grüße
Eva
das wird alles berücksichtigt… das ganze geht grade in die veröffentlichung… ist also schon alles fundiert. Ich wollte ja nur wissen ob irgendwer ne idee hat was bei der transkriptionen von Mutationen die mitten im Exon und mitten im Gen liegen alles schief gehen kann…