Warum wird Composite.tif-Datei nicht gespeichert?

Computer: Software & Programmierung Photoshop & Grafik
#1

Hallo Stefan!

Im Zuge meiner Masterarbeit habe ich mit ImageJ zu tun. An sich ein wunderbares Programm. Nun habe ich aber folgendes Problem: Ich hab 2 Bilder mit Sporen. Das eine färbe ich über „Image->Lookup Tables“ rot (um die eine Struktur (Lipidtropfen) zu sehen) und die andere grün (für die 2. Struktur = Peroxisomen). Nun kann ich ja über Image-> Color-> merge channels ein composite erstellen und als .tif abspeichern. Soweit so gut. Wenn ich jedoch die Datei dann öffnen will (ohne ImageJ, dafür mit der Windows Fotoanzeige), zeigt er mir nur den 1. Channel an. Gibts dafür ne Lösung?

Vielen lieben Dank!
Gruß Sabrina

#2

Hallo Sabrina,
das Tiff-Format hat so seine Besonderheiten.
Entweder du speicherst als JPG oder PNG. Dann wird das Bild normal angezeigt.

ODER:

Für Tiff musst du den ImageStack, den du gerade als Composite vorliegen hast, in ein RGB Bild umwandeln.

Gehe folgendermaßen vor:
Image -> Color -> StackToRGB

Jetzt kannst du normal als Tiff speichern.

Ich hoffe das hilft.

Stefan

#3

Hallo Stefan!

Perfekt, viiiieeeelen Dank! Als RGB kann ich es jetzt ganz normal anzeigen lassen!

Vielen lieben Dank!!

Gruß Sabrina

#4

Hallo Stefan,

nochmals vielen Dank für deine schnelle Hilfe! Nun hätte ich noch eine Frage an dich. Ich habe es mit Pilzhyphen zu tun, in denen ich mir die Anzahl von Peroxisomen anschauen möchte. Da es sich hier ja um 3D-Objekte handelt, habe ich Bilder in verschiedenen Ebenen gemacht, diese dann in einem Stack zusammengefügt und über „Z Project“ übereinander gelagert. Das ist doch der richtige Weg, um alle Peroxisomen der verschiedenen Ebenen in einem Bild zu vereinigen, oder? Nun habe ich jedoch das Problem, dass bei dem Z Project ja auch die „unscharfen“ Peroxisomen zu sehen sind und somit alles mehr oder weniger unscharf wird. Hast du eventuell einen Vorschlag, wie ich das verbessern könnte?

Vielen Dank schonmal!

Grüße Sabrina

#5

Hallo Sabrina,
es freut mich, dass ich dir helfen konnte :smile:

Zu deiner Frage:
Prinzipiell ist dein Weg richtig. Du kannst bei ZProject einstellen, wie die einzelnen Schichten im Endbild zusammengelegt werden sollen. Als Funktion kannst du „Max“ verwenden. Dann sollte pro Pixel die Schicht, die den hellsten Punkt hat im Endbild verwendet werden.

Ansonsten benötige ich ein paar Beispielbilder, um dir gezielter zu helfen.

Kannst du denn die Peroxisome einfach im Bild detektieren und verwendest du zum Zählen den Particleanalyzer? Würde mich einfach interessieren wie du da vorgehst.

Grüße

Stefan

#6

Hallo Stefan,

vielen Dank! Dann hab ich das tatsächlich richtig gemacht (freu!!!)

Die Peroxisomen sind mit einem GFP-Tag versehen und ich kann sie durch Fluoreszenz-Mikroskopie detektieren. Die Kamera macht zwar keine farbigen Bilder, aber das „Nachfärben“ ist ja schnell gemacht. Glaubst du denn, dass ich sie mit dem Particleanalyzer zählen kann? Wie könnte ich dir denn ein paar Bilder zusenden? Wenn das klappen würde, wäre das genial!!

LG Sabrina

#7

Hi Sabrina,
hab dir gerade eine mail geschickt.

Grüße

Stefan