Was ist das stepwise-mutation-model?

Wissenschaft Biologie
#1

Hey,

ich sitze hier vor einem englischen Versuchspaper und versuche krampfhaft die Vorgehensweise und die Annahmen, die gemacht wurden zu verstehen um die Auswertung des Versuchs korrekt zu verstehen.

Es geht um Populationsgenetik eines Pflanzenparasits, von welchem sehr viele Proben genommen wurden und bei allen dieselben Mikrosatteliten-Loci untersucht wurden.

Im Text steht:
„The R-ST statistic uses variation in allele sizes and incorporates the stepwise mutation model (SMM) to evaluate the proportion of the total genetic variation that is found in a subpopulation“

Übersetzt habe ich es etwa wie folgt:
„Die Rst-Statistik benutzt die Abweichung der Allel-Größen und beinhaltet das SMM (stufenweise-Mutations-Modell), um das Maß/Anteil an der gesamten genetischen Variation abzuschätzen, welche in einer Subpopulation gefunden wird.“

Es im Text dort immer wieder auf SSR/Mikrosatelliten eingegangen.
Was besagt das stufenweise-Mutationsmodell im Bezug auf die Mikrosatelliten-Sequenz im Genom?

Kennt sich damit wer aus und kann mir das erklären?

Danke und Gruß

#2

Hi,

schau mal hier:
http://www.pnas.org/content/75/6/2868.short

Soweit ich das verstehe, geht es darum, die Variabilität innerhalb einer population (bezogen auf Loci von Allellen) zu beschreiben. Hierbei verwendete man früher wohl ein infinite allele model, das aber keine maximale Mutationsrate beinhaltet was für eine gewisse Artspezifität wohl aber notwenig ist. Dies ist im SMM enthalten und die ergebnisse sind wohl recht gut.
http://www.genetics.org/content/133/3/737.short

Grüße,
JPL

#3

dann gehe ich davon aus, dass es für gattungen bzw. sogar arten festgelegte mutationsraten gibt, die dann miteinbezogen werden? oder werden diese raten in den versuchen jeweils eigenmächtig geschätzt?

und ist die mutationsrate pro generation bei drosophila höher als beim menschen (nur als beispiel), oder tut sich dort nicht viel (bezogen auf lediglich eine generation)?

#4

Sorry,

die Fragen kann ich dir nicht abschließend beantworten, ich bin nur Statistiker :smile:

dann gehe ich davon aus, dass es für gattungen bzw. sogar
arten festgelegte mutationsraten gibt, die dann miteinbezogen
werden? oder werden diese raten in den versuchen jeweils
eigenmächtig geschätzt?

Ich denke, dass sie in jedem Versuch geschätzt werden, dass aber aus Vorversuchen der ungefähre Wert bekannt sein dürfte. Es sei denn du testest eine unbekanntere Spezies.

und ist die mutationsrate pro generation bei drosophila höher
als beim menschen (nur als beispiel), oder tut sich dort nicht
viel (bezogen auf lediglich eine generation)?

soweit ich weiß, sind die Mutationsraten bei Insekten höher als bei Säugern. aber nur etwas, denn die massgebliche Anpassung an die Umwelt erfolgt vor allem über die kurzen entwicklungszyklen und die hohe Vermehrungsrate.

aber wie gesagt - wenn sich dazu ein Biologe/Genetiker äußern würde, wäre mir das mehr als recht.

Grüße,
JPL

#5

danke