Welche Layoutprogramme es gibt (zumindest die gängigen) wurde ja
bereits geschrieben.
Diese dienen in erster Linie eigentlich für die Zusammenlegung von
Texten und externen/verknüpften Grafiken (Vektor und/oder
pixelbasierend) für printfähige layouts (also Flyer, magazine etc.)
Excel und oder Word-Import ist kein Problem.
Mittlerweile beherrschen/unterstützen sie auch teilweise die Ausgabe
für andere Medien Web z.B. sind aber primär immer noch für Print
ausgelegt.
Wichtig wäre also darüber nachzudenken, wo euer Schwerpunkt bei den
Präsis liegt: also hauptsächlich am Beamer oder auch als Handout,
also gedruckt.
Je mehr du mit einer zweiten Anwendung arbeitest umso weniger
flexibel bist du dann natürlich in PowerPoint. Allerdings hast du
mehr und bessere Möglichkeiten in sachen Druckausgabe.
Möglicher workflow: Alle Folien in einem Layoutprogramm erstellen und
als mehrseitiges PDF exportieren. Diese können sauber ausgedruckt
aber auch an einem Beamer zur präsentation dienen. Auch im PDF gibt
es Möglichkeiten zur Verlinkung und Interaktion allerdinsg muss man
dann auf solche Gimmicks wie Animationen und Überblendeffekte
verzichten, die aber eigentlich eh für’n A… sind (meiner meinung
nach ).
Alternativ kann man die Layouts auch als html exportieren und mit
einem Browser präsentieren.
Flash ist ebenfalls ein tolles vektorbasierendes Autorenprogramm, mit
dem man interaktive Projekte (Präsis, Websiten etc.) erstellen kann.
Verlangt aber viel KnowHow.
Es gibt eben viele Wege nach Rom 
