Was versteht man unter 'co-migrating proteins'

Wissenschaft Biologie
#1

Hallo liebe Experten,

ich lese/bearbeite im Moment einen Aufsatz, in welchem Proteine per Gelelektrophorese getrennt und die entstandenen Banden per Massenspektrometrie analysiert werden.
Nun wurde als „Ergebnis“ der Spektrometrie folgendes angegeben:

„The MALDI-TOF-MS analysis performed on the 40 kDa putative adhesin of the LM3 strain revealed that the band contained five co-migrating proteins : D-alanyl transfer protein DltD; GTP cyclohydrolase II; oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein; alfa-subunit of the E1 component of the pyruvate dehydrogenase complex; ATPbinding protein of the glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter“
aus Castaldo et al.: Surface displaced alfa-enolase of Lactobacillus plantarum is a fibronectin binding protein, Microbial Cell Factories 2009, 8:14

Nun stellt sich mir die Frage, was „co-migrating proteins“ genau sind? Recherchen zu diesem Begriff ergabe nur weitere Fundstellen in diversen Aufsätzen, aber keine Erklärung zur Bedeutung.

Könnte der Begriff evtl. etwas damit zu tun haben, dass diese fünf Proteine sozusagen im „Proteinverband“ das Elektrophoresegel durchlaufen haben? Die Massenspektrometrie ergab für die fünf einzelnen Proteine nämlich Molekularmassen zwischen 39 und 48 kDa, also durchaus hohe Abwechnungen von den 40 kDa aus der Elektrophorese…

Bin über jeden Hinweis dankbar!

Viele Grüße
Anni

PS: Und sorry, wenn diese Frage oder meine Annahmen für Expertenohren nun etwas naiv klingen, aber meine Kenntnisse zu diesem Thema beschränken sich leider mehr oder weniger nur auf Grundlagenwissen :wink:

#2

Hallo!

Der Marker gibt nur einen groben Schätzwert für die Molekülmasse des Proteins. „co-migrating“ bedeutet nach meinem Verständnis, dass die fünf Proteine in diesem Fall einfach eine gemeinsame Bande bilden, weil sie gleich schnell wandern. Dass sie tatsächlich physikalisch an einander hängen, glaube ich nicht, denn dann wäre der Protein-Komplex ja insgesamt größer und müsste erheblich langsamer wandern.

Michael

#3

Huhu!

Ich wollte hautpsächlich dem Michael Bauer recht geben.
Und betonen, das der Marker wirklich nur eine große Abschätzung der Proteinmasse zulässt.
Ladungsdichte, Glykosylierung, Schwefelbrücken in dem Protein, usw. verändern die Laufgeschwindigkeit im Verhältniss zur Masse.

Viele Grüße!
Ph.

#4

Danke euch! Hab aber trotzdem noch ne Frage…
Erstmal danke euch beiden für eure Antwort!

Hmm, diese Erklärung klingt logisch, allerdings tu ich mich dann noch ein bisschen schwer mit der Tatsache, dass laut Quelle neben der 40 kDa-Bande, der ja die co-migrating proteins angehören, noch eine zweite Bande mit 48 kDa + dazugehöriges Protein genannt wird.
Und eines der Proteine aus der 40er-Bande hat (laut Massenspektrometrie) ja auch ein Molekulargewicht von 48 kDa…

Hat irgendjemand noch eine Idee, wie sich das erklären lässt?
Oder denk ich da jetzt irgendwie verquert?

Viele Grüße
Annika

#5

Leider sagt mir die Methode „MALDI-TOF-MS analysis“ nichts. Gelelektrophoresen können ja unter denaturierenden Bedingungen mit oder ohne Reduktion durchgeführt werden. Wenn SDS verwendet wird, trennen die Systeme zwar ganz gut nach dem Molgewicht, aber aufgrund von S-S Brücken gibt es noch Artefakte im Laufverhalten. Unter reduzierenden Bedingungen und SDS ist die Trennung nach Molgewicht meist noch besser. Eine Co-migration wird dann unwahrscheinlicher.
Udo Becker

#6

Leider sagt mir die Methode „MALDI-TOF-MS analysis“ nichts.

Matrix-assisted-laser-disorption-and-ionization-time-of-flight-mass-spectroscopy.

Die Probe wird in eine Matrix eingebettet, durch einen intensiven Laserpuls wieder herausgelöst und ionisiert und im elektrischen Feld beschleunigt. Die Energie des Teilchens ergibt sich aus der Beschleunigungsspannung, seine Geschwindigkeit berechnet man aus der Flugzeit für eine bestimmte Strecke. Aus Energie und Geschwindigkeit kann man dann die Masse des Teilchens berechnen.

Michael

#7

Matrix-assisted-laser-disorption-and-ionization-time-of-flight-mass-spectroscopy.

Wow, da bin ich mit meinem DTE und SDS doch ganz schön hinter dem Mond.
Udo Becker

#8

Vielen Dank an alle Mitdenker! o.w.T.
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