Nun… ich würde Wing Commander 3 bis 5 empfehlen. Ist aber ein reines Singleplayer-Spiel. Conflict Freespace1+2 wurde schon angesprochen. Homeworld soll auch in dir Richtung gehen… kenn ich aber selber nicht.
Was du allerdings meinst mit dem Schiffsausbau, wenn ich das richtig verstanden habe, bieten diese Spiele vermutlich nur wenig Spielraum. Hier wäre Privateer 2 eher der Favourit. Habe selbst nur den ersten Teil gespielt, der zweite wird aber nicht viel anders sein. Du beginnst mit einem kleinen Frachtschiff und kannst auf verschiedenen Raumstationen Missionen annehmen. Für diese bekommst du Geld damit du dir irgendwann mal ein anderes Schiff kaufen kannst, bessere Waffen, Verteidigung etc.
Die Handlung ist recht freizügig, da du hinfliegen kannst wo du willst… und der Weltraum ist verdammt gross!
Bei den erstgenannten Spielen folgst du nur einem bestimmten Handlungsablauf, den du nur sehr wenig beeinflussen kannst.
Es gibt noch viele andere Weltraumshooter. Tachyon und Edge of Chaos hab ich beide auch mal kurz angetestet. Tachyon ist aber wie Freespace und Egde of Chaos ist zu komplex für Einsteiger in diesem Genre. Da hab ich als alter Weltraumheld auch noch Schwierigkeiten…