Neben den bereits guten Erklärungen zum Hungestoffwechsel wegen Mangelversorgung kommt noch, dass das Sportprogramm zum umfassend ist. 3 x 3 Stunden ist eher kontraproduktiv - zumal Ausdauertraining in dem Bereich überschätzt wird.
3 x bis zu 90 Minuten - davon nur Auf- und Abwärmen (ja 10-15 minuten) und dann 60 Minuten anstrengendes Krafttraining.
Außerdem würde ich lieber Maß nehmen statt wiegen.
Aber, mit einer unzureichenden Versorgung an den wichtigen Nährstoffen wird das auch mit Muskelaufbau nichts. Im Gegenteil, der Körper baut Muskeln ab, weil er Glucose braucht und sonst nicht genaug zu essen bekommt.
Und bei 5 kg würde ich mir auch nicht so einen Stress machen. Vermutlich wirst du, wenn du jetzt anfängst mehr (und hoffentlich ausreichend und richtig) zu essen, erst mal wieder zunehmen. Weil der Körper mit 1000 kcal einfach nicht ordentlich arbeiten kann.
http://schlank.net/essen/hungerstoffwechsel.htm