Wie berechne ich die Standardabweichung einer PCR?

Wissenschaft Mathematik
#1

Hallo,

ich habe das Problem, dass ich nicht weiß wie ich die Standardabweichung einer RT-qPCR berechne. Am Bestern erklär ich mein Problem mit einem Beispiel:

Ich habe eine RT-qPCR mit drei gleichen Proben durchgeführt. Als delta CT-Werte erhalte ich:
Behandlung (A: 6,22; B: 5,9; C: 6,43)
Kontrolle (A: 8,01; B: 8,36; C: 8,52)
Daraus ergeben sich die Mittelwert 6,18 für die Behandlung und 8,3 für die Kontrolle.
Diese setze ich nun für die weitere Berechnung in die folgende Formel ein:
(2^-delta CT Behandlung)/(2^-delta CT Kontrolle) = (2^-6,18)/(2^-8,3) = 4,34693945 = “Fold Regulation“
Die kann ich dann in einem Diagramm abbilden. Nun frage ich mich wie das mit den dazugehörigen Standardabweichungen funktioniert. Diese kann ich ja nur berechnen indem ich sie aus A, B und C bilde:
STABWN (Behandlung): 0,17969109
STABWN (Kontrolle): 0,21296844
Wie muss ich nun diese Werte berechnen, damit ich sie als Standardabweichung ins Diagramm einsetzen kann?

Vielen Dank für eure Hilfe im Voraus!
Gruß Pia

#2

Ich würde an deiner Stelle nicht gleich mit den Mittelwerten rechnen, sondern mit den Einzelwerten die „fold-regulation“ berechnen. dann bekommst du drei Werte, alle ungefähr 4,3. Von denen kannst du nun eine standardabweichung berechnen. Ich frage mich allerdings, ob das Real-Time-Gerät, das du benutzt nicht über eine entsprechende Auswertungssoftware verfügt?
Kleine Anmerkung noch nebenbei, die Effizienz einer PCR ist selten 2! Daher solltest du die Effizienz anhand von Verdünnungsreihen über eine Standardkurve bestimmen.

#3

Hi,

wirklich ein tricky Problem.
Habe ich auch keine gut Idee.
Vielleicht die STABWN prozentual auf die Fold-Regulation anwenden?

Gruß,

Ivo-

#4

Hallo Pia,

Leider kenne ich mich mit RT-qPCR nicht aus. Und auch bei Statistik bin ich eher auf Excel & Co angewiesen. Ich hoffe Du bekommst noch viele hilfreiche Antworten auf Deine Anfrage.

Sorry!

Viele Gruesse,

Marcus