Das kommt ganz auf die Lager an. Ein halbwegs hochwertiges MTB hat im Tretlager gedichtete wartungsfreie Lager. Gedichtete Lager kann man eigentlich nicht reinigen.
Falls da wirklich normale, ungedichtete Kugellager verbaut sind, lohnt sich das Reinigen eigentlich nicht, da diese für ein MTB nicht geeignet sind. Wenn du trotzdem ran willst, Kurbeln ab, Tretlagerschalen raus und Tretlager entfernen - aufpassen, dass keine Kugeln verloren gehen. Alles entfetten, Schmutz entfernen, neu fetten und wieder zusammen setzen - dabei auf die Lagerspannung achten.
An deiner Stelle würde ich das Tretlager aber komplett austauschen - bereits für 15-20 Euro bekommt man recht haltbare Lager (Breite des Tretlagergehäuse beachten!).