Hallo Karsten,
es gibt jede Menge Möglichkeiten „FTP Passwörter verschlüsselt zu speichern“. Ich glaube deine Frage zielt darauf ab, die von Filezilla gespeicherten Dateien, die die Passwörter enthalten, zu verschlüsseln. Das ließe sich zwar ohne weiteres machen, allerdings kann dann Filezilla natürlich auch nichts mit der Datei anfangen. Und ich konnte auch ad hoc keine Möglichkeit finden, wie das anwendungsintegrativ zu lösen wäre.
Das geht d’accord mit der Empfehlung von PCWelt die Passwörter jedes mal manuell einzugeben.
Falls du also auf ein anderes FTP-Programm umsteigen möchtest, sind folgende Programme (für Windows) recht populär: WinSCP, FireFTP-Addon für Firefox, SmartFTP sowie CoreFTP. Es sei allerdings gesagt, dass Filezilla nicht grundlos der bekannteste ist 
Ansonsten kannst du Passwörter natürlich mit verschiedenen Passwortmanagern o.ä. verschlüsseln (http://board.gulli.com/thread/841000-programm-zum-pa…). Ich persönlich benutze dazu aus verschiedenen gründen LastPass.
Eine einfache aber ebenso wirksame Methode ist auch, die Datei, die die Passwörter enthält, in ein Passwortgeschützes RAR-Archiv zu packen.
Der Grundgedanke ist jedes mal der selbe: du verschlüsselst deine Passwörter mit einem großen (maximal sicheren) Masterpasswort.
Viele Grüße,
Koloblicin