Wieso braucht man überhaupt Genkarten (genetische oder physikalische) wenn die DNA sowieso sequenziert wird?
DNA Sequenzierung verrät dir zuerst einmal nur die DNA-Sequenz. Die ist für sich genommen nutzlos. Einfach nur Buchstabensalat. (Darum war der Hype derzeit um die vollständige Sequenzierung des Human-Genoms damals völlig überzogen: Zwar lag nach jahrelanger Friemelei die DNA-Sequenz endlich vor. Aber so richtig wusste damals auch noch keiner etwas damit anzufangen.)
Genkarten anzulegen bedeutet, die DNA-Sequenz verstehen zu lernen: Welche Sequenzen bedeuten Startstellen für die Transkription, wo sind Exons, wo sind Introns, etc. Schließlich: Gene ausmachen und mögliche Genprodukte vorhersagen.
Die DNA-Sequenzierung ist also nur der erste Schritt zum Verständnis eines Genoms.
Selbst heute sind noch nicht alle Gene des menschlichen Genoms experimentel bestätigt worden oder auch nur identifiziert! In den online-Datenbanken finden sich
daher teils „putative“ Gene, die nur in silico, also nur mittels Computer, vorhergesagt worden.
Schlussendlich wissen wir also immer noch nicht exakt, wie viele Gene für welche Art von Protein codieren.
Dafür sind Genkarten gut. 
Nachtrag: Richtig ist natürlich, das heutzutage die Reihenfolge der Vorgehensweise dramatisch verändert ist. Früher hätten Genetiker mittels Kreuzungsversuchen erst mühevoll ein Gen lokalisiert. Dann das Gen isoliert und es sequenziert.
Heute würde man zuerst das ganze Genom sequenzieren, dann in silico Vorhersagen machen und schließlich experimentell bestätigen.
Wieso braucht man überhaupt Genkarten (genetische oder
physikalische) wenn die DNA sowieso sequenziert wird?
Servus,
Wieso braucht man überhaupt Genkarten (genetische oder
physikalische) wenn die DNA sowieso sequenziert wird?
Eine Genkarte zeigt die lineare Anordnung der Gene im Genom eines Organismus. Auf einer genetischen Karte ist die Reihenfolge von Genorten eingetragen. Auf einer physikalischen Genkarte sind die genauen Abstände zwischen Genen gemessen in Basenpaaren eingetragen.
Bei einer Sequenzierung sieht man lediglich die Nukleotidabfolge, weiß aber nichts über die Funktion, also ob die Sequenz wirklich ein Gen oder ein nicht-kodierender Bereich ist.
Gruß,
Sax
Tut mir Leid, aber deine Frage ist zu unkonkret gestellt? Kannst du vielleicht näher ausführen, worauf du hinaus willst?
Wieso braucht man überhaupt Genkarten (genetische oder
physikalische) wenn die DNA sowieso sequenziert wird?
Hallo Joyner,
gute Frage!
vor gar nicht allzulanger Zeit war aber die Sequenzierung noch nicht so einfach/schnell/kostengünstig als es jetzt ist. in den 80iger Jahren noch, war es quasi unmöglich grössere Bereiche zu sequnzieren. Mit viel Arbeit konnte man vielleicht zehntausend Basen sequenzieren. Die Komplett-Sequenz des Phagen Lamda (48502 bp) war schon ein Meilenstein!
Weil man eben nicht effizient sequenzieren konnte, hat man eben versucht die Gene durch andere Experimente in eine Ordnung und Reihenfolge zu bringen (Genkarten).
heutzutage ist es sicher einfacher ein Bakterium „durchzusequenzieren“ als Genkarten zu machen.
bester Gruss
Yps
Also das ist ja eine seltsame Frage. Mich würde der Hintergrund interessieren.
Genkarten braucht man zum Beispiel, wenn man ein Gen in ein Bakterienplasmid einschleusen will. Man kann dann auf der Genkarte (in dem Fall: Vector map) gucken, mit welchen Enzymen (Restriktionsendonukleasen) der zuvor noch geschlossene Vektor geschnitten und linearisiert werden kann. Auf gleiche Weise muss das Gen geschnitten werden, um es mit dann in den Vektor einzufügen (s.g. Ligation, in dem Fall meist mit „sticky ends“). Vektor (Plasmid) und eingefügtes Gen kann man dann in Bakterienzellen einfügen (Transformation) und es so zur weiteren Verarbeitung vermehren.
Der Punkt ist, dass man anhand Genkarten die Längen der Fragmente voraussagen kann, die sich ergeben, wenn mit bestimmten Enzymen geschnitten wird. Mittels Agarose-Gelelektrophorese kann die geschnittene DNA visualisiert werden. Ein Größenstandard (Marker) gibt dann Auskunft über die Größe der Fragmente.
Die Genkarten sind also ein Arbeitsmittel, um jeden Klonierungsschritt auch überprüfen zu können. Sonst kloniert man wochenlang und am Ende klappt’s dann nicht, weil man an irgendeiner Stelle etwas verkehrt gemacht hat.
Ich hoffe, das war einigermaßen deutlich. Falls noch was unklar ist, bitte noch mal melden und angeben, welcher Hintergrund dahinter steckt.
Weil bei der Sequenzierung nur die Abfolge der Basen festgelegt wird und sich daraus keinerlei Information über Gene, Loci, Promotoren, Introns, Exons etc ergibt.
Bei Büchern findest man ja auch Seitenzahlen, Überschriften und Inhaltsverzeichnisse, ohne diese wäre eine Übersicht nur schwer möglich.
Wieso braucht man überhaupt Genkarten (genetische oder
physikalische) wenn die DNA sowieso sequenziert wird?
Hallo!
Die Frage ist etwas pauschal - was ist mit „Genkarte“ gemeint? Welcher Organismus? Wieso wird „sowieso sequenziert“?
Allgemein: Man muss ja erst mal auswählen, was man sequenzieren möchte. Bei Eukaryota liegt idR mehr oder weniger „Sequenzmüll“ zwischen den Genen (wobei das unbedingt in Klammern stehen muss - vermutlich kein Müll, man kennt nur meist die Funktion nicht), es hätte wenig Sinn, das mit zu sequenzieren.
Und nicht zuletzt ist Sequenzieren immer noch teuer.
Viele Grüße
R.
Wieso braucht man überhaupt Genkarten (genetische oder
physikalische) wenn die DNA sowieso sequenziert wird?
Hallo,
ich bin nicht sicher, ob ich die Frage richtig verstehe, aber um eine (physikalische) Genkarte herzustellen, muss sequenziert werden. Dann hat man die Karte. Man könnte dann nach allem was man macht wieder sequenzieren, wird dies aber meist nicht tun, sondern mittels Restriktionsenzymen und Fragmentgrößen die Ergebnise beurteilen. Ansonsten gilt noch, das die Sequenz, ohne das man weiss, welche Gene die Sequenz kodiert, nicht viel aussagt.
Was genomische Genkarten angeht, ohne die, müsste man den Organismus ja jedesmal komplett durchsequenzieren, wenn man wissen will, welche Gene wo sitzen.
Hoffe das hilft.
Viele Grüße
Marcus Wirth