Wilcoxon-Rangsummentest der richtige Test?

Wissenschaft Mathematik
#1

Hallo zusammen,

ich bin neu hier und deshalb nicht ganz sicher, ob ich hier im richtigen Forum bin, aber ich versuch es mal.Es ist auch ein sehr spezielles Problem, deshalb schon jetzt einmal Danke, wenn sich irgendwer damit auseinander setzt!!!

Ich suche nach dem richtigen Varianzanalyse für meine Daten. Da ich keine Normalverteilung annehmen kann und es sich nicht um ein metrisches Skalenniveau handelt bin ich beim Mann-Whitney-U-Test oder dem Wilcoxon-Rangsummen-Test gelandet.

Mein eigentliches Problem: gepaarte oder ungepaarte Stichproben?

Ich habe Zellen mit dem Stoff X stimuliert oder eben nicht und dann die Reaktion gemessen. Das heißt die gleichen Zellen, einmal unstimuliert, einmal stimuliert.
Ich würde deshalb eher zum Wilcoxon tendieren…
Hoffe die Schilderung ist nicht zu knapp.

Danke, danke, danke für jede Antwort!

#2

Hi,

Das heißt die gleichen Zellen,
einmal unstimuliert, einmal stimuliert.

das ist dann bahängig.
also weder Mann-whitney noch wilcoxon test (das ist eh dasselbe).
du könntest aber den Wilcoxon signed-rank test nehmen.
Oder: du bildest erst die Differenz und machst dann einen 1-sample test (dann hast du die abhängigkeiten eliminiert)
Es gibt auch noch weitere möglichkeiten, aber ich will dich jetzt nicht zu sehr kopflos machen.
Bedenke aber, dass die genannten nicht-parametrischen Verfahren keine angabe über den mittleren Unterschied machen (wie etwa der t-test), da sie auch keine (oder besser gesagt nicht nur) Mittelwertsunterscheide testen. wenn das aber für dicht wichtig ist und der outcome metrisch ist, dann müsstest du über die anderen (nicht genannten) Alternativen nachdenken.
Viele Grüße,
JPL

#3

Hallo JPL,

vielen Dank für die schnelle und hilfreiche Antwort!!

also weder Mann-whitney noch wilcoxon test (das ist eh
dasselbe).
du könntest aber den Wilcoxon signed-rank test nehmen.

Hatte mal ebenso den Wilcoxon-Rangsummentest verkürzt zu Wilcoxon-Test, sehe ein warum das keine gute Idee war.

Bedenke aber, dass die genannten nicht-parametrischen
Verfahren keine angabe über den mittleren Unterschied machen
(wie etwa der t-test), da sie auch keine (oder besser gesagt
nicht nur) Mittelwertsunterscheide testen. wenn das aber für
dicht wichtig ist und der outcome metrisch ist, dann müsstest
du über die anderen (nicht genannten) Alternativen nachdenken.

Ich gehe davon aus, dass ich ein nicht-parametrisches Verfahren wählen muss, da ich die Induktion von RNA bei meinen Zellen bestimme, also weder einen festen Nullpunkt noch von sicheren gleichen Abständen ausgehen kann?! Ich hätte damit keinen metrischen outcome und müßte auf den Wilcoxon-Rangsummentest zurück greifen, denk ich mal.

Vielen lieben Dank!
Flumen

#4

Hi Flumen,

Ich gehe davon aus, dass ich ein nicht-parametrisches
Verfahren wählen muss, da ich die Induktion von RNA bei meinen
Zellen bestimme, also weder einen festen Nullpunkt noch von
sicheren gleichen Abständen ausgehen kann?! Ich hätte damit
keinen metrischen outcome und müßte auf den
Wilcoxon-Rangsummentest zurück greifen, denk ich mal.

das kommt eher darauf an, was du genau misst und wie der range der möglichen Daten aussieht, die dabei herauskommen können und ob dieser einer bestimmten Verteilung folgt.
aber prinzipiell kannst du einen wilcoxon auch für ordinal skalierte Daten nehmen.

Grüße,
JPL

#5

Hallo JPL,

kann gar nicht aufhören dir für deine Hilfe zu danken! Ich schick schon mal vorweg, dass es jetzt speziell wird (wahrscheinlich ist das ganze über Forum gar nicht zu beantworten). Aber versuchen kann ich’s ja mal :smile: , habe vollstes Verständnis, wenn dir das zu viel ist

das kommt eher darauf an, was du genau misst und wie der range
der möglichen Daten aussieht, die dabei herauskommen können
und ob dieser einer bestimmten Verteilung folgt.

Im Prinzip will ich Daten gewonnen aus einer quantitativen Rt-PCR auswerten. Für die primäre Auswertung habe ich die deltadelta-ct Methode verwendet, um die relative Induktion meines Zielgens zu bestimmen. Jetzt möchte ich die relative Induktion des Zielgens unterschiedlich behandelter Zellen miteinander vergleichen. Ich denke dafür ist der Wilcoxon-Ranglistentest am besten geeigent, weil ich nicht von einer Normalverteilung ausgehen kann, es sich am ehesten um eine ordinale Skala handelt und die Daten abhängige Stichproben darstellen (gleiche Zellen andere Stimulation) ?!

Beste Grüße
Flumen

#6

Hi,

meine Befürchtung bewahrhiten sich … RT-PCR …
Das ist nmlich eine völlig andere Baustelle. Bioinformatics befsst sich damit, das Problem ist nicht nur die Verteilung, sondern vor allem, dass du i.a. tausende von Genen testest, aber nur wenige samples (i.a. 3 oder 4).
Wenn man dann einen wilcoxon macht, hat man quasi keine power mehr um überhaut noch etwas sig. zu finden, kombiniert mit dem Problem der multiplizität bleibt nichts mehr übrig.
Daher müsstest du mal nach einem mediated t-test suchen und nach der false discovery rate für die Adjusterung.
Ich kann dir moegen ggf. mal ne Lit raussuchen.

Viele Zellen sind noch keine biologischen Replikate - wenn man bspw. eine FACS macht analysiert man auch 10000 Zellen, aber alle vom selben Spender. hier muss man also ganz genau überlegen, was man wissen will und wo man ggf. Pseudoreplikate erzeugt (technische Reps).

Viele Grüße,
JPL

#7

Hallo JPL

Hi,

meine Befürchtung bewahrhiten sich … RT-PCR …
Das ist nämlich eine völlig andere Baustelle.

Und damit bewahrheiten sich meine Befürchtungen.

Ich kann dir moegen ggf. mal ne Lit raussuchen.

Das wäre wirklich sehr, sehr nett!!

Viele Zellen sind noch keine biologischen Replikate - wenn man
bspw. eine FACS macht analysiert man auch 10000 Zellen, aber
alle vom selben Spender. hier muss man also ganz genau
überlegen, was man wissen will und wo man ggf. Pseudoreplikate
erzeugt (technische Reps).

Ich untersuche quasi bestimmte Zellen (Makrophagen aus gepoolten Blutprodukten) die unterschiedlich stimuliert werden und vergleiche die Expression eines bestimmten Protein auf diesen Reiz hin unter anderem mit RT-PCR. Denke dann müßte ich sie als abhängig betrachten oder?

Liebe Grüße
Flumen

#8

Hi,

Ich untersuche quasi bestimmte Zellen (Makrophagen aus
gepoolten Blutprodukten) die unterschiedlich stimuliert werden
und vergleiche die Expression eines bestimmten Protein auf
diesen Reiz hin unter anderem mit RT-PCR. Denke dann müßte ich
sie als abhängig betrachten oder?

Das auf jeden Fall - du kannst dann aber nur eine Aussagen über den Blutpool machen, das ist dann quasi ene biol. Einheit und du machst davon x tech. Replikate.

Viele Grüße,
JPL