Da ich selber hin und wieder Controller programmiere versenke ich noch ein klein wenig mehr Zeit, obwohl ich weder diesen Controller noch Energia verwende.
Es mag Zufall sein, aber eine schnelle Internetrecherche per Tante Google hat auffallend viele Postings zutage gefördert, die nahe legen, dass Energia Probleme mit USB 3.0 Ports (bzw mit den USB 3.0 Treibern) haben *könnte*.
Soweit ich weiß ist es durchaus üblich, dass Programmiersoftware beim Start die verfügbaren Ports abklappert um angeschlossene Controller oder Programmer zu finden. Nehmen wir nun mal an, dass der von Dir verwendete Hypervisor USB 3.0 nur als USB 2.0 virtualisiert … dann wäre eventuell erklärt, wieso die virtualisierte WIndows 7 Maschine problemlos lief, und bei der Anwendung Controllerprogrammierung wirst Du den Unterschied USB 2.0 doer 3.0 sowieso nicht bemerken und danher auch nicht auf die USB Version achten.
USB 3.0 ist relativ neu, und ich glaube nicht, dass der USB 3.0 Treiber von WIndows 7 (den man immer vom Hersteller laden musste … bei Windows 7 war so weit ich weiß nie einer dabei) vergleichbar ist mit dem von Windows 8, da Microsoft inwischen einen Universaltreiber eingebaut hat.
Ich würde also hier zu suchen beginnen. EIne unausgegorene Idee zielt darauf, dass Du mal die USB 3.0 Controller Treiber in der Systemsteuerung deaktivieren könntest - die USB Anschlüsse müssten dann als USB 2.0 identifiziert werden.
Ein Schuss ins Dunkle, aber auch dabei erlegt man ab und zu ein Reh 
Gruss Armin.