Um alles zu behalten kannst du nur Drüberbügeln also unter laufendem System die Installation erneut durchführen.
Löst aber keine Fehler weil der Müll übernommen wird.
In der Wiederherstellungs und Sicherungskonsole kannst du deine Einstellungen und Dateien sichern und wieder zurück spielen.
Die Lizenzen kannst du auch einzeln sichern.
Ich würde als erstes erst einmal die Reparaturoptin benutzen und die Option " Systemdateien erneut kopieren " ausprobieren.
Hast du Avira kannst du den Schlüssel aus dem Programm kopieren und nachher bei der erneuten Installation wieder aus der Sicherung zurück spielen.
Die Ordner eigene Dateien ect. solltest du vorher auf eine Usb Platte sichern.
Als Backup kann ich dir nur Acronis empfehlen, denn dieses kann dann wirklich jede einzelne Datei an den Ort zurück spielen wo sie vorher gesessen hat.
Dazu musst du aber erst ein Volles Backup auf einem Datenträger oder externen Festplatte erstellen und prüfen lassen.
Eine neue Saubere Installation plus die anderen dazu ist immer der Bessere weil fehlerfreie Weg.
Läuft es mit der Reparaturoption zufriedenstellend geht auch das.
Sichern solltest du dann beides für den eventuellen kommenden Ernstfall.
Gruß