Ich tippe mal darauf, daß Du einen Virenscanner laufen hast, der zwar das Problem „Trojaner“ löste, aber dessen Einträge in der REgistry nicht vollständig entfernte, so daß die Datei beim System-Start geladen werden soll, aber eben nicht mehr gefunden wird. Dies würde die Fehlermeldung erklären.
Warum Dein system anschließend trotzdem unbrauchbar ist, ist mir nicht klar.