Hallo DS,
wenn Programme verschwinden, ist das in meinen Augen ein Unsicherheitsfaktor, dem man entweder bis zum letzten Stück auf den Grund gehen muss, warum das genau passiert. Das kann man allerdings hierüber nicht leisten, dazu benötigt es einen IT Specialisten vor Ort.
Oder man geht auf Nummer sicher, macht die Festplatte leer und installiert neu. Dann weiss man es 100% ohne sich vorher mit dem System herumschlagen und mit einem kleinen Gedanken leben zu müssen, doch nicht alles erwischt zu haben und es geht zu einer Zeit x wieder los.
Vielleicht besteht ja auch nur ein Mißverständnis und wir sollten klären, was genau für Dich die Definition für: „Außerdem kann ich seltsamerweise die Programme, die weg waren. noch manuell über Windows deinstallieren.“ bedeutet.
Bedeutet dies, dass Dir die ICONS auf dem DESKTOP fehlen, Du aber in die Verzeichnisse der Programme unter C:\Programme (x86) gehen und diese von dort aus starten kannst?
In jedem liegt die Entscheidung und die Verantwortung dafür bei Dir. Egal, wofür Du Dich entscheidest. 
Grüße Tom