Hallo Lurchi2,
hmm mit einer externen Festplatte habe ich´s bisher noch nie probiert und ich bin auch nicht sicher, ob ich das eigentliche Problem richtig verstanden habe, daher kann ich Dir nur einen Vorschlag machen:
Wie wäre es, wenn du auf
http://media-convert.com/konvertieren/
die ursprüngliche Datei rauflädst und sie zu einem Audioformat konvertierst? (das Audioformat wirst Du per Downloadlink runterladen können - an deiner ursprünglichen Datei wird sich also nichts ändern)
Anschließend bearbeitest Du dein Video, indem Du den Ton des Videos von Anfang an stummstellst und stattdessen einfach die Audiodatei abspielst.
Die einzige mögliche Folge hierbei wäre, dass VIELLEICHT die Audiodatei nicht ganz so sauber klingt, wie der Originalton.
(Nebenbei bemerkt: Windows Moviemaker neigt immer mal wieder zu derartigen Fehlern, darum kann ich Dir nicht garantieren, dass es mit der Methode auch zu hundert Prozent funktionieren wird, aber bei mir hat´s bisher eigentlich immer ganz gut geklappt.)
Noch ein Tip von mir persönlich, da ich genau das Gleiche auch schon gemacht habe: 
Es muss noch gesagt sein, dass wenn Du später das Video schneidest, Du das Video auch an den Ton anpassen musst (gilt jetzt speziell wegen des Konzertmitschnitts). Sofern man den Gesang von den Lippen ablesen kann, musst du versuchen, Bild und Ton synchron zu halten, weil man´s später leider Gottes sofort erkennen kann… (Es sei denn Du verzichtest von Anfang an auf eine Synchronität)
Es kann nämlich sogar sehr störend sein, wenn z.B. das Bild immer eine Viertelsekunde vor dem Ton abgespielt wird. Jaja, es ist nicht einfach, was wir machen… ;D
Ich hoffe, ich konnte Dir behilflich sein und wünsche Dir noch viel Glück 
(Ich würde das fertige Video gerne sehen, würdest Du mir den Link senden, wenn Du fertig bist? Mein Nick bei Youtube ist Assault84)
