Frage zur Lohnsteuerberechnung - Denkfehler?

Ich habe gerade folgendes festgestellt:

Nehme ich das gesamte zu versteuernde Einkommen (laut Steuerbescheid) und gebe es in den Abgabenrechner des Bundesministeriums für Finanzen ein, so erhalte ich den Einkommensteuerwert, der auch vom Finanzamt festgelegt wurde. Konkret wären das:

Zu versteuern: 24.197,00 €
Einkommensteuer: 3.872,00 Euro

Addiere ich da aber wieder den Verlust aus Gewerbebetrieb hinzu (Einkommen wird somit höher), so erhalte ich das hier:

Zu versteuern: 24.848,00 €
Einkommensteuer: 4.061,00 Euro

Der Arbeitgeber hat aber nur 3.896,00 EUR vom Gehalt abgezogen.

Somit hat er meiner Meinung nach im Laufe des Jahres einfach zu wenig Lohnsteuer abgezogen, so dass eine Nachzahlung fällig ist. Da es auch eine Rückzahlung gibt, ist es keine Nachzahlung sondern eine sehr kleine Rückzahlung.

Die Frage ist nur, an welcher Stelle der Arbeitgeber zu wenig gezahlt hat…

Das muss die fragliche Stelle sein, weswegen ich schon seit Wochen am Rumrechnen bin.