Die Sache mit den relativen Pfaden ist ganz einfach: Mache für das gesamte Projekt einen neuen Ordner auf der Festplatte. Pack dein Dokument in einen neuen Unterordner dieses Ordners, und die referenzierten Dateien in einen oder mehrere weitere Unterordner des Ordners für das Projekt. Dann hast Du
c:\eventuell ganz viele übergeordnete Ordner\projekt\home\meindokument.html
und
c:\eventuell ganz viele übergeordnete Ordner\projekt\referenzen\referenz1.html
c:\eventuell ganz viele übergeordnete Ordner\projekt\referenzen\referenz2.html
c:\eventuell ganz viele übergeordnete Ordner\projekt\referenzen\referenz3.html
Jetzt setzt Du die Links aus meindokument.html einfach auf …\referenzen\referenz1.html oder …\Referenzen\referenz2.html
Die Angabe … bewirkt, dass im Dateisystem im übergeordneten Ordner gesucht wird. Durch \referenzen gehst Du vom übergeordneten Ordner in den dort vorhandenen Unterordner referenzen und kannst die dort vorhandene Datei referenz1.html ansprechen