Ich habe einfach mal alles kopiert
Was dir absolut nichts bringt, weil Du dadurch das SSI (Server Side Inludes) nicht zu Gesicht bekommst. Denn wie der Name schon sagt, wird der Inhalt vom Server eingefügt, nicht vom Browser. Daher siehst Du also nur das Ergebnis, das der Server an den Browser übermittelt hat…
Verstanden? 
aber die verschiedenen
Teile sind einfach untereinander abgebildet worden.
Wo sind die Abstände und Positionen festgelegt ??
Mit CSS ??
Ja, im CSS (Cascading Style Sheet), auf welches im Quellcode durch die Zeilen:
referenziert wird.
Deine Aufgabe würde nun lauten: mache dich kundig über semantisches HTML und CSS. Du wirst sicher dein bisheriges Vorgehen komplett über den Haufen schmeißen und neu lernen müssen, aber die Mühe lohnt!
Deine erste Anlaufstelle: http://de.selfhtml.org/
Zum Thema SSI: http://www.drweb.de/ssi/ssi_uebersicht.shtml
Aber kümmer dich bitte drittrangig um SSI. HTML und CSS sollten Priorität haben!
Gruß Marcus