Ubuntu - Hilfe bei Installation von Software

Computer: Software & Programmierung UNIX & Linux
#1

Hallo!

Ich bin totaler Anfaenger mit Linux und habe gerade erfolgreich Ubuntu 7.10 auf einem Vista Laptop installiert. Zum einen moechte ich mehr Erfahrung mit Linux sammeln, zum anderen benoetige ich fuer meinen Job ein Programm, das nur auf einer Linux-Machine laeuft. Und dafuer braeuchtee ich leider ein wenig Hilfestellung von Euch.

Das Programm nennt sich MUMmer. Hier der Link, auf dessen Inhalt sich meine Fragen beziehen: http://mummer.sourceforge.net/manual/#requirements

  1. MUMmer wurde erfolgreich auf Redhat Linux 6.2 and 7.3 (Pentium 4) getestet. Kann ich davon ausgehen, dass es auch auf Ubuntu 7.10 laufen wird?

  2. MUMmer benoetigt weitere Software, um erfolgreich zu laufen:

make (GNU make 3.79.1) und perl (PERL 5.6.0) und sh (GNU sh 1.14.7)
csh (tcsh 6.10.00) und g++ (GNU gcc 2.95.3) und sed (GNU sed 3.02)
awk (GNU awk 3.0.4) und ar (GNU ar 2.9.5) und fig2dev (fig2dev 3.2.3)
gnuplot (gnuplot 4.0) und xfig (xfig 3.2)
Wie kann ich feststellen, ob manche dieser Utilities schon vorhanden sind? Was muss ich beachten, wenn ich diese Utilities aus dem Internet laden und installieren moechte?

  1. Die oben genannten Utilities muesen im System Pfad verfuegbar sein. Was bedeutet das?

Ich bin fuer jeden Hinweis (auch weiterfuehrende Links) dankbar!

Viele Gruesse,

Marcus

#2

Hallo Marcus,

Ich bin totaler Anfaenger mit Linux und habe gerade
erfolgreich Ubuntu 7.10 auf einem Vista Laptop installiert.

Das Programm nennt sich MUMmer. Hier der Link, auf dessen
Inhalt sich meine Fragen beziehen:
http://mummer.sourceforge.net/manual/#requirements

  1. MUMmer wurde erfolgreich auf Redhat Linux 6.2 and 7.3
    (Pentium 4) getestet. Kann ich davon ausgehen, dass es auch
    auf Ubuntu 7.10 laufen wird?

Ich will dir keine Garantie geben, aber es ist sehr stark anzunehmen, daß es auch unter Ubuntu läuft, vor allem, weil Du es ja dort übersetzen willst.

  1. MUMmer benoetigt weitere Software, um erfolgreich zu
    laufen:

Wie kann ich feststellen, ob manche dieser Utilities schon
vorhanden sind? Was muss ich beachten, wenn ich diese
Utilities aus dem Internet laden und installieren moechte?

Der einfachste Weg steht schon in der Beschreibung zu Mumer (Punkt 2.3): Du lädst dort die Sourcen herunter und führst nach dem Auspacken ein

make check

aus. Dann bekommst Du entweder ein OK, oder es wird eine Liste von Paketen angezeigt, die Dir noch fehlen und die Du noch nachinstallieren mußt. Das ist das normale Vorgehen. Etwas umständlicher kannst Du auch unter dem Menupunkt „Anwendungen“ nachsehen. Dazu kommen wir gleich.
Um Programme unter Ubuntu zu installieren gibt es viele Möglichkeiten. Der einfachste Weg wäre es, im Menu den Punkt „Anwendungen“ -> „Hinzufügen/Entfernen“ zu wählen.
Weiteres zum Installieren von Programmen findest Du hier:
http://wiki.ubuntu-forum.de/index.php/Programme_inst…
http://www.galileo-press.de/openbook/ubuntu/ubuntu14…
bei letzterem besonders die Punkte 14.5.5 bis 14.5.7

  1. Die oben genannten Utilities muesen im System Pfad
    verfuegbar sein. Was bedeutet das?

Wenn Du auf einer Konsole

echo $PATH

erhälst Du den sogenannten Pfad. Das sind die Directories, in denen Linux der Reihe nach nach Programmen sucht. Eigentlich fast das gleiche Verfahren wie unter Windows. Darüber mußt Du dir aber in der Regel keine Gedanken machen, weil die benötigten Pakete bei einem ordentlich installierten Linux schon automatisch im Pfad verfügbar sind.
Hoffe, dir etwas geholfen zu haben

Viele GrĂĽĂźe
Marvin

#3

Kleiner Nachtrag
Hallo Marcus,
Ich habe gerade eine Version von mummer speziell für Ubuntu 7.10 gefunden. Das heißt, daß das Programm unter Ubuntu läuft. Außerdem kannst Du auch versuchen, es zuerst von dieser Seite zu laden, weil das für einen Anfänger einfacher ist.
http://packages.ubuntu.com/gutsy/science/mummer

Bzw. kannst Du es auch über die schon erwähnte Anwendungsverwaltung suchen, da ist es dann möglicherweise schon dabei.

Viele GrĂĽĂźe
Marvin

#4

Hi,

erfolgreich Ubuntu 7.10 auf einem Vista Laptop installiert.

was ist denn ein Vista Laptop??? :wink:

Das Programm nennt sich MUMmer. Hier der Link, auf dessen
Inhalt sich meine Fragen beziehen:

MUMer gibts fĂĽr UBUNTU vorkompiliert, die Sache mit make usw brauchst du also nicht.

versuch mal in einer (Text)konsole folgendes:

ggf Passwort eingeben und ggf die Abfrage(n) mit „j“ bestätigen.

HTH,
J~

#5

Der einfachste Weg wäre es, im Menu den Punkt „Anwendungen“ -> „Hinzufügen/Entfernen“ zu wählen.

Nur da geht es aber sehr oft mit der Vorgehensweise nicht, trotz schon freigeschalteter Universe Repos !

Aber wenn er mittels Synaptic Paketmanager installiert, sieht er das Programm + die dazu gehörende Dokumentation.(Version 3.19.1)

Voraussetzung das er auch Universe unter den Paketquellen noch aktiviert.

Deshalb fĂĽr ihn einen weiteren Link zum lesen.

http://wiki.ubuntuusers.de/Synaptic#Paketquellen

Pinguin

#6

Hallo Marvin,

Vielen Dank fuer Deine Hilfe!!

Ich habe den Befehl „make check“ ausgefuehrt und folgende Utilities konnten nicht gefunden werden: g++ (GNU C++ Compiler) und csh (C-Shell). g++ konnte ich installieren, nachdem ich im Internet ein wenig nach Tutorials gesucht habe (sudo apt-get install build-essential). Leider finde ich nichts Brauchbares (sprich: fuer Anfaenger) fuer die Installation von csh. Ich habe schon „sudo apt-get install tcsh“ und „sudo apt-get install csh“ versucht, aber die „Packages“ konnten nicht gefunden werden. Hast Du einen Tip fuer mich?

Nochmals vielen Dank und viele Gruesse,

Marcus

#7

Hallo J~,

erfolgreich Ubuntu 7.10 auf einem Vista Laptop installiert.

was ist denn ein Vista Laptop??? :wink:

Jaaaa, Du weisst schon … so’n Ding, das einem immer Aerger bereitet :wink:. Ist nicht meines. ICH haette zwar gerne das Laptop aber nicht unbedingt Vista.

MUMer gibts fĂĽr UBUNTU vorkompiliert, die Sache mit make usw
brauchst du also nicht.

Das ist jetzt nicht wahr, oder?? *schnauf* Die ganze Arbeit etwa umsonst?? Naja, nicht ganz, denn endlich lerne ich mehr ueber Linux!

versuch mal in einer (Text)konsole folgendes:

ggf Passwort eingeben und ggf die Abfrage(n) mit „j“
bestätigen.

Da kommt auch die Fehlermeldung, dass MUMmer nicht gefunden wurde. Ich habe es dann auch mal mit mummer_3.19 versucht (wohl die Version die bei Ubuntu dabei ist), aber das hat auch nicht geklappt. Hast Du noch ne Idee?

Viele Gruesse,

Marcus

HTH,
J~

#8

Hi,

versuch mal in einer (Text)konsole folgendes:

ggf Passwort eingeben und ggf die Abfrage(n) mit „j“
bestätigen.

Da kommt auch die Fehlermeldung, dass MUMmer nicht gefunden
wurde.

OK, wir mĂĽssen dich mal in eine Lage versetzen wie man dir per Posting helfen kann. Du brauchst einen Paketmanager. Den hast du entweder schon oder musst ihn installieren.
Versuche mal

Wenn es den nicht gibt versuche ihn zu installieren

in dem Teil suchst du dann nach deinem mummer.
Wenn das nicht klappt sag wie weit du gekommen bist, dann sehen wir weiter.

HTH,
J~

#9

Hallo!

Du könntest auch den „Mausschubserweg“ gehen:

  • MenĂĽpunkt System
  • Systemverwaltung
  • Synaptik-Paketverwaltung
  • -> Paketverwaltung öffnet sich
  • fĂĽr Suche
  • Nach „mummer“ suchen -> ergibt bei mir 2 Treffer, Programm und Doku
  • Beides markieren usw.

hth
Major

1 Like
#10

Hallo und Danke an alle Helfer!!

Ich bin dem vom Major beschriebenen „Mausschubserweg“ gegangen (vorher hatte ich mir alle Eure Postings schon durchgelesen und bin dadurch etwas mit der Paketverwaltung vertraut). Wenn ich in der Synaptik-Paketverwaltung nach „mummer“ suche, finde ich leider nichts. Ok, vielleicht befindet sich das Packet noch auf der CD und wurde nicht installiert. Folgendes habe ich versucht: Paketverwaltung > Edit > Add CD-ROM und habe die Live CD von Ubuntu 7.1 hinzugefuegt. Ich finde mummer aber immer noch nicht. Naechster Versuch: Paketverwaltung > Settings > Repositories > Fenster „Software Sources“. Ich benoetige wohl „Community-maintained Open Source software (universe)“, aber dieser Punkt ist nur verfuegbar unter „Downloadable from the internet“. Klicke ich dennoch auf „universe“, kommt die Fehlermeldung, dass der Computer den Server nicht finden konnte. Naja, der Computer ist noch nicht mit dem Netz verbunden (das ist der naechste Schritt fuer Linux :wink:.

Habe ich nun etwas falsch gemacht … oder ist mummer auf meinem Rechner noch nicht verfuegbar??

Viele Gruesse,

Marcus

Hallo!

Du könntest auch den „Mausschubserweg“ gehen:

  • MenĂĽpunkt System
  • Systemverwaltung
  • Synaptik-Paketverwaltung
  • -> Paketverwaltung öffnet sich
  • fĂĽr Suche
  • Nach „mummer“ suchen -> ergibt bei mir 2 Treffer, Programm und Doku
  • Beides markieren usw.

hth
Major

#11

Hallo Marcus,
Hast Du es schon mal mit dem fertigen Paket versucht, das ich vorhin schon mal erwähnt habe?
Vielleicht habe ich es ja ĂĽbersehen, aber ich habe keine Bemerkung dazu gefunden, ob es dabei eventuell Schwierigkeiten gegeben hat. Zur Sicherheit nochmal den Link:
http://packages.ubuntu.com/gutsy/science/mummer
Wenn Du dort auf den passenden Download gehst und dort einen passenden Server auswählst, müßte nach dem Klick dann dein Paketmanager aufgehen. Dort findest Du auch csh zum Download.

Viele GrĂĽĂźe
Marvin

#12

Hallo Marvin,

Entschuldige, dass ich darauf noch nicht eingegangen bin. Ich bin gerade dabei, es auf diesem Weg zu versuchen. Allerdings ist der Linux-Computer noch nicht mit dem Internet verbunden. Ich weiss noch nicht, wie man das bei Ubuntu macht. Werde mich da mal durchschlagen. Ansonsten: ich kann doch sicherlich auch das Paket von der Internetseite herunterladen, auf eine CD kopieren und dann das Paket von der CD aus installieren? Vielleicht bekomme ich es ja so hin.

Viele Gruesse,

Marcus

[Bei dieser Antwort wurde das Vollzitat nachträglich automatisiert entfernt]

#13

Hallo Marcus,

Entschuldige, dass ich darauf noch nicht eingegangen bin.

Mußt dich nicht entschuldigen, ich hatte nur befürchtet, daß der Link völlig untergegangen ist.

Ansonsten: ich kann doch sicherlich auch
das Paket von der Internetseite herunterladen, auf eine CD
kopieren und dann das Paket von der CD aus installieren?
Vielleicht bekomme ich es ja so hin.

Naja, das geht auch. Ist aber unter Umständen etwas schwieriger, weil Du dann selbst die Abhängigkeiten beachten mußt, was sonst der Paketmanager macht, der fehlende Pakete sonst automatisch aus dem Internet nachlädt.
Du mußt also zuerst mit dem beginnen, was fehlt. War bei dir wohl csh, das wird ja auch dort angeboten. csh selbst kann natürlich wiederum von etwas abhängig sein, aber Du weißt ja inzwischen, wie Du nachsehen kannst, ob so ein Paket schon vorhanden ist. Ganz zum Schluß dann das mummer-Paket.
Wie gesagt, am besten wäre es mit Internet-Verbindung. Wundert mich eigentlich, daß da noch keine da ist, weil Ubuntu in der Regel die Netzwerkkarte selbst erkennt und auch automatisch die Internetverbindung einrichtet. Ansonsten mußt Du mal unter „System“ suchen, ob es da einen Punkt „Netzwerkverbindungen“ oder „Internet“ gibt. Genau kann ich es im Moment leider nicht sagen, weil ich gerade kein Ubuntu-System zur Hand habe. Ansonsten ist das Ubuntu-Forum ein guter Startpunkt für solche Infos:
http://www.ubuntu-forum.de/

Viele GrĂĽĂźe
Marvin

#14

Hi,

Wenn
ich in der Synapti c -Paketverwaltung nach „mummer“ suche, finde
ich leider nichts.

das Teil gibts, habe es vorhin selbst gefunden und ĂĽber synapti c installiert.

Ohne Netzzugang wird das na klar nix, aber wieso sollte der nicht konfiguriert sein? Wenn du bei der Installation von ubuntu nicht gefragt wurdest (und was übersprungen hast) wird das schon installiert sein. Steck mal das Netzwerkkabel in den Laptop und öffne einen browser (firefox, konqueror, iceweasel, …)

wenn du dazu GAR KEIN Bock hast Plan B:
http://ftp.de.debian.org/debian/pool/main/m/mummer/m…
dpkg -i mummer_3.20-2_i386.deb
Aber das wird deine fehlenden Abhängigkeiten nicht auflösen. Die musst du dann ALLE manuell holen und installieren (siehe http://packages.debian.org/unstable/science/mummer?l… )

Infoquellen:
http://packages.debian.org/de/sid/i386/mummer/download
http://www.google.de/search?hl=de&q=.deb+installiere…

Habe ich nun etwas falsch gemacht … oder ist mummer auf
meinem Rechner noch nicht verfuegbar??

Du kannst es nicht installieren weil du keinen Zugriff auf eine Paketquelle hast!

HTH,
J~

1 Like
#15

Vielen Dank!!
Hallo J~,

Vielen Dank fuer Deine Hilfe!! Ich habe das csh Paket von einer CD nachgeladen, und nun funktioniert auch mein MUMmer (auch wenn ich damit noch nicht so viel anfangen kann).

Das mit dem Netzwerk macht noch Probleme. Ich bin an einem Forschungsinstitut und es kann sein, dass der Computer erst eine Berechtigung braucht, um ans Netz gehen zu koennen. Das finde ich noch raus.

Nochmals danke!!

Viele Gruesse,

Marcus

[Bei dieser Antwort wurde das Vollzitat nachträglich automatisiert entfernt]

#16

Vielen Dank!!
Hallo Marvin,

Vielen Dank auch fuer Deine Hilfe!! Ich habe das csh Paket von der von Dir genannten Seite auf eine CD gebrannt und dann ueber die CD nachgeladen, und nun funktioniert auch mein MUMmer (dessen Bedienung ich noch lernen muss :wink:. Als ich das gleiche mit mummer versuchen wollte, kam es in der Tat zu Problemen mit irgendwelchen Abhaengigkeiten.

Das mit dem Netzwerk funktioniert noch nicht so richtig. Aber es kann daran liegen, dass ich evtl. eine Berechtigung brauche, um ans Nezt gehen zu koennen. .

Danke nochmals und viele Gruesse,

Marcus

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#17

Vielen Dank!
Hallo Major,

Auch Dir ein Vielen Dank fuer die Hilfe!!

Viele Gruesse,

Marcus

[Bei dieser Antwort wurde das Vollzitat nachträglich automatisiert entfernt]

#18

Hi,

Auch Hi,

versuch mal in einer (Text)konsole folgendes:

ggf Passwort eingeben und ggf die Abfrage(n) mit „j“
bestätigen.

Da kommt auch die Fehlermeldung, dass MUMmer nicht gefunden
wurde.

dann fehlt das richtige Repositorie in deiner /etc/apt/sources.list

OK, wir mĂĽssen dich mal in eine Lage versetzen wie man dir per
Posting helfen kann. Du brauchst einen Paketmanager. Den hast
du entweder schon oder musst ihn installieren.

seit wann ist apt kein Paketmanager mehr ?

Versuche mal

Wenn es den nicht gibt versuche ihn zu installieren

in dem Teil suchst du dann nach deinem mummer.

root@nobby64:/home/nobby# apt-cache search mummer
mummer - Efficient sequence alignment of full genomes
mummer-doc - Documentation for MUMmer

root@nobby64:/home/nobby# apt-cache policy mummer
mummer:
Installiert:frowning:keine)
Mögliche Pakete:3.20-2
Versions-Tabelle:
3.20-2 0
500 http://ftp.de.debian.org sid/main Package

Leider ist *buntu mittlerweile von Debian so weit entfernt wie der Mond von der Erde und man muss sich schon das richtige *buntu Repo suchen.

GruĂź Norbert

#19

Hallo Norbert,

dann fehlt das richtige Repositorie in deiner
/etc/apt/sources.list

Ja, das denke ich auch. Aber ich habe ja keine Ahnung, wie man das nach-installiert. Mittlerweile habe ich das Programm MUMmer aber ueber einen anderen Weg installieren koennen.

root@nobby64:/home/nobby# apt-cache search mummer
mummer - Efficient sequence alignment of full genomes
mummer-doc - Documentation for MUMmer

root@nobby64:/home/nobby# apt-cache policy mummer
mummer:
Installiert:frowning:keine)
Mögliche Pakete:3.20-2
Versions-Tabelle:
3.20-2 0
500 http://ftp.de.debian.org sid/main Package

Aehm, ja, das liegt nun doch ueber meinem Verstaendnis. Ich kenne mich zwar mit DOS/Windows recht gut aus, aber bei Unix/Linux Befehlen nur ein wenig.

Leider ist *buntu mittlerweile von Debian so weit entfernt wie
der Mond von der Erde und man muss sich schon das richtige
*buntu Repo suchen.

So ganz begreife ich das ganze Linux mit seinen vielen Distributionen und kryptischen Namen nicht.

Vielen Dank fuer Antwort,

Marcus

#20

Hi Norbert,

seit wann ist apt kein Paketmanager mehr ?

ich benutze AUCH apt, aber oft auch welche mit GUI. Die Frage ob man einem Neuling gleich die manchmal höhere Hürde der reinen Konsolenadministratur stellt oder erstmal ein grafisches Frontend anbietet ist ja eine philosophische. Manchmal erhalten Teilsiege auch die Motivation.

root@nobby64:/home/nobby# apt-cache search mummer

ubuntu hat ja (leider) standardmäßig keinen „richtigen“ root. Dein Beispiel wird einem Neuling somit vermutlich nicht helfen.

GrĂĽĂźe,
J~