Wie auch immer du es machst, geschwindigkeitsvorteil wirst du mit einer festplatte keinen merken, weil er nunmal immer auf dieselbe platte zugreift, auch wenns die andere partition is.
Windoof reagiert mit laufwerksbuchstaben auf mehrere partitionen 
Ich persönlich mag eine 2 GB partition für windoof und den rest für progis/spiele etc. aber das is nur geschmackssache und bringt keinen wie auch immer gearteten geschwindigkeitsvorteil.
Wo es eventuell etwas bringt, ist beim defragmentieren/scandisc, weil er nicht die platte, sondern nur die partition defragmentiert/scannt und du damit zeit sparen kannst, wenn du nur deine programmpartition oder betriebssystempartition defragmentieren/scannen willst.
Eventuell hast spürbare vorteile, wenn du betriebssystem, programme und auslagerungsdatei bzw. temp-ordner auf verschiedenen festplatten hast, weil er, wenn er was in die auslagerungsdatei schreibt, nicht den datenfluss von der programmplatte so stark beeinträchtigt. Das aber nur, wenn du alles auf master hängen hast, sobald die 2. platte als slave hängt kannst auch diesen vorteil schonwieder vergessen. Aber… so wirklich spürbar ist das heutzutage nimma, früher hats wirkli noch was gebracht.
Aber einen vorteil hat es ganz bestimmt. Wenn du nur eine platte hast und zwei partitionen machst, dann verlierst du nichts was du auf der zweiten partition hast, wenn du mal windoof neuinstallieren mußt (ich mußte das besch… win98 alle 4 monate neu installieren, weils jedesmal zum spinnen anfing).
Einfach in den dosmodus runterfahren und format c: eingeben und nur win98 verabschiedet sich ins nirvana. Andere daten, wie musik usw. sind ja dann auf der 2. partition. Wenn man vorher schlau ist, dann ändert man seinen eigenen dateien ordner auch auf d:/eigene dateien oder was auch immer und behält alle seine favoriten usw. ohne daran denken zu müssen, diese vor der neuinstallation von windoof kopieren zu müssen.
Puh… aber schluss jetzt, i krieg schon nen buchstabenkoller 
Gruß,
fred