Seufz,
Windows-Problem können sehr komplex sein, schließlich sind Betriebssysteme per Definition ziemlich komplex.
Das Blinken zeigt an, dass das Betriebssystem den „Wunsch herunterfahren zu dürfen“ an alle geöffneten Programme sendet. Die Programme und Dienste (unsichtbare Programme) können auf dieses „Ansinnen“ mit „nix dagegen“ oder mit „warte mal, ich muss da noch 'ne Datei speichern“ oder eben mit „keinesfalls, da bin ich dagegen“ antworten.
Die Schwierigkeit für dich besteht nun darin, herauszufinden, welches Programm da blockiert.
Du kannst das versuchen, im Taskmanager der Reihe nach mal ein paar Programme „abzuschießen“.
Mit Tools, wie „Prozess-Explorer“ kann man detailiertere Informationen abrufen.
Ein zweiter oder dritter Virenscann(er) könnte evtl. einen unentdeckten Virus aufspühren.
(Hier keinen zweiten Echtzeit-Scanner installieren, sondern einen Online-Scanner wie Trend-Micro Housecall, Panda Antivirus Online, oder ClamWin)
Noch besser wäre es natürlich, den PC von einer Rettungsdisk mit aktuellem Virenscanner zu starten.
Bei Netzwerk-PCs (was auch schon jeder PC an einem Router ist) wartet Windows möglicherweise auf eine Antwort aus dem Netz, ob geöffnete Netzwerkverbindungen geschlossen werden dürfen, hier kann es vorkommen, dass bis zu einem „Time-Out“ gewartet wird.
Wenn das Problem erst seit kurzem auftritt, dann ist es immer einen Versuch wert, mit der Systemwiederherstellung auf einen Zeitpunkt vor dem Fehler zurück zu springen.
Manche Fehler sind leider so hartnäckig, dass eine Fehlersuche am Ende so aufwendig ist, dass man mit einer Neuinstallation schneller ist.
Aber Achtung! Bei einer Neuinstalltion gehen fast immer Daten verloren! (Irgend eine Datei oder Einstellung hat man fast immer vergessen.) Im besten Fall solltest du also ein Festplattenimage sichern.
Bis alles wieder so läuft, wie du es dir vorstellst, vergehen meißt einige Tag.
(Entschuldige, dass ich nicht sofort geantwortet habe, die E-Mail war versehentlich im Spam gelandet.)