Hallo Arido!
Auf dem Gebiet bin ich leider auch kein Experte und kann nur meine Gedanken dazu äußern.
In- und Output kommt zwar vor, aber meiner Meinug nach in so geringem Maße, dass man die Wüste, wie du schon sagtest, als weitestgehend geschlossenes Ökosystem bezeichnen kann.
Ein Ökosystem besteht ja immer aus biotischen und abiotischen Faktoren. Bei den biotischen fällt mir kein wesentlicher In-/Output ein, außer vielleicht Samen, die von Zugvögeln in Oasen ein- und ausgeschleppt werden. 
Bei den abiotischen Faktoren fällt mir nur was im Bereich Output ein und zwar der verblasene Sand/Schluff/Ton, der ja bekanntlich z.B. den Regenwald in anderen Erdteilen düngt und bei der richtigen Großwetterlage auch bei uns ankommt.
Also meiner Meinung nach ist die Wüste ein weitestgehend geschlossenes Ökosystem.
Ich hoffe meine Gedanken waren für dich hilfreich.
Schöne Grüße,
Peaceman