Hallo,
die einzige Möglichkeit, die ich sehe, ist die Auslieferung unterschiedlicher Zeichensätze und die abweichende Verarbeitung von CSS Informationen. Abgesehen davon könnten die CSS Dateien mitten beim FTP-Transfer vielleicht nicht korrekt übertragen worden sein, was dazu hätte führen können, dass Teile der CSS Datei nicht mit übertragen wurden. Dadurch fehlen vielleicht Codeabschnitte.
Das einzige, was Du machen kannst ist, die Sachen mal etwas genauer zu untersuchen. Zum Beispiel mit Firebug (für Firefox). Du musst sicher stellen, dass alle Daten, die vom alten Server ausgeliefert wurden, auch vom neuen Server ausgeliefert werden.
Auch wenn Style-Informationen in unterschiedlichen CSS Dateien gelagert sind, dann kann es vielleicht auch sein, dass eine CSS Datei nicht korrekt übertragen wurde und dadurch Einstellungen nicht gesetzt wurden.
Ohne konkrete Quellenangaben kann man nur im Trüben fischen. Bitte konkretisieren oder selber suchen.
Gruß